بعد از نماز بدن مبارك را به مكانى كه او به فرزند بزرگ خود سيد رضا طباطبايى بحرالعلوم وصيت كرده بود و به بعضى از دوستان نيز گفته بود حمل كردند. او اظهار كرده بود كه دوست دارد در جنب مرقد شيخ طوسى (متوفاى 460ه ق) دفن شود. عده اى از بزرگان نقل كرده اند كه هنگام دفن كه خاك بر پيكر آن مرجع بزرگ مى ريختند، از بين حاضران صدايى شنيدند كه اين دو بيت را مى خواند ولى تا به حال گوينده آن شناخته نشده است:

لله قبرك من قبر تضمنه

علم النبيين من نوح الى الخلف

كانت حياتك احياء لما شرعوا

وفى مماتك موت العلم والشرف 

چه قبرى كه در خود علم پيامبران را از نوح و بعد از او در بردارد زندگى تو احياگر شرع اسلام بود و مرگ تو مرگ علم و شرف است.

در تاريخ وفات او اين شعر را سروده اند كه سال وفات آن عالم بزرگ مى باشد

 خرد چو سال وفات از تو جست با وى گوى

سُمّى مهدى صاحب زمان ز عالم رفت

اين حروف مطابق با 1212 است. 

مقبره آن عالم بزرگ هم اكنون

زيارتگاه دوستدارن علم و مرجعيت و جايگاه نيايش علاقه مندان اهل بيت عصمت و طهارت است و نيازمندان فراوان، مانند روزگار زندگى او ، هم و غم خود را با استمداد از روح بلند وى برطرف مى نمايند.

منبع

ديدار با ابرار صفحه ٧٣